Enfeksiyon Enfeksiyon Hastalıklarında Laboratuvar Tanı Dr. Recep ÖZTÜRK İ .Ü. Cerrahpa ş a T ı p Fakültesi Enfeksiyon Hastal ı klar ı ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dal ı rozturk@istanbul.edu.tr, drrozturk@gmail.com Enfeksiyon Hastal klar nda Laboratuvar TanÖ l ü m Nedenleri (DS Ö ) D üşü k gelirli ü lkeler • Alt solunum yolu enfeksiyonlar , İ shal, HIV/AIDS, S tma, – Tbc, Yenido ğan enfeksiyonlar Orta gelirli ü lkeler • Alt solunum yolu enfeksiyonlar , İ shal, HIV/AIDS, Tbc, – Y ü ksek gelirli ü lkeler • Alt solunum yolu enfeksiyonlar – D ü nya geneli(> 1milyon ö l ü m) • Alt solunum yolu enfeksiyonlar , İ shal, HIV/AIDS, Tbc, – S tmaİ nfeksiyon Hastal klar nda Tan Anamnez • Klinik muayene • Ara şt rmalar • Laboratuar – (mikrobiyoloji d ş , mikrobiyolojik) G ö r ü nt ü leme teknikleri(X-ray, BT, MR, – n ü kleer t p incelemeleri)Laboratuvarda kalite ve g ü venlik İ yi laboratuvar uygulamalar k lavuzu • D ü zenli ve do ğ ru kay t sistemi • Yap lan i ş lerin g ü ncellenen protokolleri • Cihaz bak m, kalibrasyonu ve takip ç izelgesi • Kullan lan besiyeri, antibiyotik (madde, disk) • madde, ayra ç ve kitlerin kalite kontrol ü n ü n d ü zenli yap lmas Ç al ş an ve ortam g ü venli ği •İ nfeksiyonun bula şma yollar Primer • Sindirim yolu:fekal oral – Parenteral – Aerosolle solunum yolu – Sekonder • S ç rama – Y ü zey veya ç evrenin bula şmas –İ yi mikrobiyolojik uygulama yollar Ç al şma alan n n uygun olarak • d ü zenlenmesi Biyolojik tehlike seviyesine g ö re – d ü zenlenmi ş Genel ç al şma ilkelerine uyum • At klar n uygun şekilde ortadan • kald r lmasBiyolojik tehlike d ü zeyi Biyolojik ajan n hastal k yapmas olas de ğ il: • seviye 1 Bacillus subtilis – Biyolojik ajan insanda hastal k yapabilir, ama • topluma yay l p tehlike olu şturmas olas de ğ il; etkili profilaksi veya tedavi imkan var: seviye 2 Salmonella spp –Seviye 2 İ lgili alana yetkilendirilmi ş personel girebilir • Kap larda biyolojik tehlikeye belirgin şekilde • i şaret eden tabela olmal Banko vd ç al şma alanlar su ge ç irmez ve • kolayca temizlenebilir olmal Biyolojik ajanlar i ç in emniyetli saklama • ortamlar /depolar sa ğ lanmal Ö zel ve uygun dezenfeksiyon i şlemleri • belirlenmeli ve yap lmalSeviye 2 Koruyucu elbiseler iyi korunan belirli bir • yerde saklanmal İ nfeksiy ö z aerosol olu şum riski varsa , • ç al şma emniyet kabininde yap lmal Laboratuarda ayak veya elle dokunmadan • a ç lan lavabolar olmal Ortadan kald rma ö ncesi at klar uygun • şekilde toplanmalBiyolojik tehlike d ü zeyi Biyolojik ajan insanda ciddi hastal k yapabilir ve • topluma yay lmas olas ; genellikle etkili profilaksi veya tedavi imkan var: seviye 3 M.tuberculosis, Brucella spp – BSL 2-3 İ Ç İ N SINIFII LAMNER AKIMLI KAB İ N UYGUNDUR – Laborautuvar ç al şan ve toplum i ç in ciddi tehlike, • profilaksi ve tedavi imkani yok:seviye 4 Ebola, SARS – S n f III emniyet kabini gerekli – S n f III kabin tamamen kapal d r; BSL 3-4 i ç in uygundur –Testlerin ge ç erlili ğini g ö steren ö l çü tler Duyarl ı l ı k=GP/GP+YN (Testin uyguland ığı hastalarda pozitif • sonuç oran ı ) Özgüllük(seçicilik)=GN/GN+YP • Testin uyguland ığı sa ğ lamlarda negatif sonuç oran ı – Testin pozitif tahmin de ğ eri=GP/GP+YP • Testin pozitif sonuç verdi ğ i ki ş ilerin gerçekten hasta olma ihtimali – Testin negatif tahmin de ğ eri=GN/YP+YN • Testin negatif sonuç verdi ğ i ki ş ilerin gerçekten sa ğ lam – olma ihtimali Testin analitik duyarl ı l ığı :aranan maddenin ne kadar ı n ı n • miktar ı n ı n saptanabildi ğ inin ölçüsüdür(ng/ml,viral yük/ml)Hastal ı k ? Test ? Var Yok Pozitif Gerçek pozitif Yalanc ı pozitif Negatif Yalanc ı negatif Gerçek negatifİ nfeksiyon Hastal klar nda Tan Anamnez • Klinik muayene • Ara şt rmalar • Laboratuar – (mikrobiyoloji d ş , mikrobiyolojik) G ö r ü nt ü leme teknikleri(X-ray, BT, MR, – n ü kleer t p incelemeleri)Mikrobiyoloji d ş incelemeler Tam kan say m , l ö kosit form ü l ü • -N ö trofili±toksik granulasyon ± vakualizasyon ? bakteri infeksiyonlar -Lenfositoz ? virus infeksiyonlar -Eozinofili ? parazit infeksiyonlar -Parazitler ? Plasmodium, Babesia, Filaria, TrypanosomaToksik granulasyonAtipik lenfositler- İ nfeksiyoz MononukleozEozinofil, bazofilSchuffner L ö kositoz Bakteri infeksiyonlar ı n ı n ço ğ u • Baz ı bakteri infeksiyonlar ı nda lökositoz olmaks ı z ı n – nötrofili :Leptospira ve Rickettsia infeksiyonlar ı - Baz ı virüs infeksiyonlar ı • İ nfeksiyon d ı ş ı de ğ i ş ik nedenler: • Maliniteler ve de ğ i ş ik hematolojik – hastal ı klar(hemolitk anemiler, MDS) Laktik asidoz, üremi, eklampsi, gut, diabetik – ketoasidoz, tirotoksikoz Myokart infarktüsü, postoperatif, gangren – İ laçlar(KS,BF:G-CSF, Lityum – Kur ş un zehirlenmesi, civa zehirlenmesi – Ekzersiz, a ğ r ı ,stres, hipoksi, travma, konvülziyon, – sigara içme, epinefrin, beta-agonistlerL ö kopeni • Tifo, bruselloz gibi baz bakteri – infeksiyonlar , vir ü s infeksiyonlar n n ç o ğ u Lenfositoz • İ nfeksiyoz mononukleoz, cytomegalovirus – infeksiyonu, vir ü s hepatitleri, k zam k, su ç i ç e ğ i, kabakulak, adenovirus infeksiyonlar ve di ğ er vir ü s infeksiyonlar , bo ğ maca, bruselloz, t ü berk ü loz, sifiliz , toksoplazmozLenfopeni • Ciddi pn ö mokok veya Klebsiella pn ö monisi – gibi a ğ r seyirli bakteri infeksiyonlar ; ciddi endotoksemi; miliyer t ü berk ü loz; lenfositk koriomenenjit, Colorado kene ate ş i, deng gibi baz virus infeksiyonlar ; yayg n histoplazmoz,; yayg n kalaazar Monositoz • T ü berk ü loz, di ğer granulamat ö z infeksiyonlar, – subakut bakteri endokarditi ve sifiliz, cytomegalovirus ve varicella zoster virus infeksiyonlar Eozinofili • Tri ş inoz, kist hidatik, viseral larva migrans, – askariyaz, toksokariyaz, strongyloidaz; baz kronik infeksiyonlarda ve akut bakteri infeksiyonlar n n iyile ş me devrinde; Chlamydia pn ö monileri, k z l n ge ç devresi, toksik ş ok sendromu(%50), bronkopulmoner aspergilloz sola kayma+l ö kopeni • k ö t ü prognoz :pn ö mokok pn ö monisi – Plazma h ü cresi art ş : K zam k ç k • Bazofili : Ç i ç ek, su ç i ç e ği, grip •Di ğer hematolojik belirtiler Anemi • Kanama veya y k m sonucu akut anemi : – Clostridium perfringens sepsisi, malaria, babesioz, bartonelloz, Mycoplasma pneumoniae pn ö monisi, infeksiy ö z mononukleoz ve sifiliz Parvovirus B19 infeksiyonunda eritrosit ö nc ü – h ü crelerinin tutulmas sonucunda Kronik infeksiyonlarda kronik hastal k anemisi – retik ü loendotelyal sistemde demir depolar normal • veya artm ş , plazma demiri ve total demir ba ğlama kapasitesi azalm ş t r. Di ğer hematolojik belirtiler Trombostopeni:Azalm ş yap m/artm ş y k m • Sepsis/D İ K, s tma, tif ü s, toksik şok sendromu, CMV, HIV, EBV, – Hemorajik hummalar(K r m Kongo hastal ğ ,rubella İ nfeksiyon s ş hast:Vit B12 veya folat eksikli ğ i, maliniteler – İ la ç lar:sitotoksikler, ö strojen, tiazid di ü retikleri – Trombostioz • Akut infeksiyonlar n iyile şme d ö nemi, t ü berk ü loz, baz kronik – infeksiyonlar, ö zellikle yava ş iyile şen pn ö moniler D İ K • Trombostopeni, artm ş fibrin y k m ü r ü nleri, azalm ş fibrinojen ve – uzam ş protrombin zaman saptan r; kanama ve trombozlar geli şebilir Ciddi infeksiyonlar n seyrinde ( ö zellikle gram negatif bakterilerin – etken oldu ğ u sepsisler, meningokoksemi, kayal k da ğ lar lekeli ate şi). Asplenik hastalarda D İ K daha s k geli şir. –Mikrobiyoloji d ş incelemeler İ drar analizi • L ö kositler, bilirubin/urobilinojen, eritrosit; – parazit:Trcihomonas vaginalis, Schistosoma Piy ü ri:mm 3 de 8 l ö kosit(santrifuj edilmemi ş idrar); santrifuje • idrarda 40x10 b ü y ü tmede 2-5 l ö kosit D şk incelemesi • L ö kosit, e r itrosit, parazitler: larva, yumurta, trofozoit, – kist B ö brek ve karaci ğ er fonksiyon testleri, di ğ er • biokimya testleri V ü cut s v lar n n incelenmesi • BOS, plevra/perikard s v lar , assit –CMV inkl ü zyyon cismi Cytomegalovirus(CMV) pn ö monisiAkut faz reaktanlar Artan reaktanlar ESH(>100 mm/s:tuberk ü loz, lai şmanyaz – CRP(x10 ? -bakteri infeksiyonlar , x1-4 ? : – virus infeksiyonlar ) Serum amyloid A, fibrinojen, haptoglobin, – alfa1 antitripsin ,ferritin, C3,C4... Prokalsitonin – Azalan reaktanlar Transferrin, prealbumin, albumin, retinol – ba ğ layan proteinProkalsitonin Sistemik bakteri infeksiyonlar ve sepsisde üç • saat i ç inde artar CRP’ye g ö re art ş 20 saat daha ö nce • Normal:0.01 ng/ml • Viral infeksiyonlarda veya inflamatuar hastal klarda – 0.5-1 ng/ml Sistemik bakteri infeksiyonlar nda 20-200 ng/ml – İ nfeksiyon d ş durumlarda (ciddi travma, • b ü y ü k cerrahi i şlemler, uzam ş dola ş m yetmezli ğ i … ) artabilir Sepsisdeki kadar y ü ksek de ğ erlere ula şmaz –Prokalsitonin ? 50 mg/L prokalsitonin olas ı veya kesin sepsis • tan ı s ı nda %98.5 duyarl ı l ı k ve %75 özgüllük Yan ı klarda infeksiyon geli ş ince miktar ı artar • Ay ı r ı c ı tan ı da di ğ er yararlar ı : • Erken ARDS ’ de infeksiyoz olan ve olmayan durumlar – Organ transplant hastalar ı nda rejeksiyon ve – infeksiyon ayr ı m ı Bakteriyel ve viral hastal ı klar ı n (meninjit vb) – ayr ı labilmesi İ nfeksiyöz veya noninfeksiyöz pankreatitin ayr ı m ı –Mikrobiyolojik İ ncelemeler Uygun zamanda • Uygun yerden • Yeterli miktarda • Klinik ö rnek al nmas mikrobiyolojik tan n n – esas n olu ş tururKlinik Ö rnekler Bo ğaz s ü r ü nt ü s ü • Orta ak m idrar , sonda idrar • Uretral ak nt , vaginal ak nt • Kan • Damar i ç i kateter • Abse • BOS, plevra s v s , perikart s v s , eklem s v s , assit • Balgam, ind ü klenmi ş balgam • Bronkoskopik ö rnekler • Mide biyopsisi:Hp • D ş k , rektal s ü r ü nt ü • Biyopsiler •Balgam kalitesini de ğerlendirme (Bartlett) • N ö trofil say s (x10) Derece Epitel h ü cresi Derece • <10 0 10-25 -1 10-25 +1 >25 -2 >25 +2 mukus varl ğ +1 Son de ğer 0 veya daha az ise yeni ö rnek isteMikrobiyolojik İ ncelemeler Mikroskopi • Direkt inceleme(l ö kosit, parazit, mantar:KOH, ç ini – m ü rekkebi,) Gram – Giemsa:Tzanck – EZN, Kinyoun, modifiye EZN – Gomori metenamin g ü m üş boyama:mantar(PCP dahil) – Trikrom boyama – Fluoresans mikroskopisi • Calcofluor white: mantarlar – Auramine-rhodamine – FITC:DFA, IFAT – Elektron Mikroskopisi (Virus saptama ve tan m: Rotavirus, • Calicivirusler)Ş ankr’dan al nan ö rne ğ in karanl k karanl k alanda incelenmesi İ drar n karanl k alanda incelenmesiBalgam Gramİ drar: GramBOS-GramGram-Uretral ak ntKedi s rmas sonras sell ü lit-Pasteurella multocidaKar n yaras ak nt sDşknn Gram boyamas -C.difficileBOS: CD4 <100 mm 3 , menenjitli hastaOrofarenkste kirli,beyaz, kald r l nca kanayan membran olan hastaRotavirus-EM Adenovirus-EMSolunum yolu enfeksiyon etkenleri RSV, İ nfluenza, ParainfluenzaMikrobiyolojik İ ncelemeler K ü lt ü r • Besiyeri – Genel ü retici, selektif ? zenginle ştirilmi ş (L ö wenstein Jensen- • Mycobacterium, BCYE-Legionella), Kat , s v • Aerobik, CO 2 , mikroaerofilik, anaerobik • Identifikasyon: morfoloji, biotipleme, serotipleme, faj tiplemesi, – kromatografi Duyarl l k ara şt r lmas :Kirby-Bauer disk dif ü zyon, M İ K – (agar dil ü syon, mikrodil ü syon, E test) H ü cre k ü lt ü r ü • Virus, Chlamydia, Rickettsia –MacConkey Agar, laktoz pozitif ve negatif kolonilerLegionella pneumophila-Kanl agar ve BCYE Ticari biokimyasal identifikasyon tüpçükleri Giardia: trofozoit ve kistE. histolytica-trofozoit ve kistCryptosporidium Modifiye EZN Cyclospora Trikrom boyamaMikrobiyolojik İ ncelemeler Immunolojik teknikler: klinik ö rneklerde • antikor veya antijen varl ğ n ara şt rmak i ç in kullan l r Presipitasyon • Aglutinasyon • Komplement fiksasyon • Virus n ö tralizasyon • ELISA • RIA • Immunfloresans •Agl ü tinasyon Antikor aramak: Sifiliz ( RPR:Presipitasyon, TPHA ) • Brucella(Rose-Bengal, Wright) • Weil-Felix rx(Rickettsia inf) • Hidatik kist(LA, IHA) • Paul-Bunnell , Monospot test(IM) • Gruber-Widal AT-Salmonella • Leptospira: lam agl, mikroagl • Antijenaramak: GAS; Sp, Hib, Nm, GBS, E.coli K1 : BOS; • Legionella(idrar) Cryptococcus neoformans(BOS, serum) • Rotavirus , Adenovirus(d şk ) •ELISA Antijen aramak: • HBsAg,, Chlamydia, Legionella, • GAS,Helicobacter pylori(d şk ) Sp, Hib, Nm, GBS, E.coli K1 antigens: BOS • Cryptococcus neoformans, Aspergillus • Rotavirus, Norovirus, Adenovirus • Antikor aramak: • Hepatit virus inf(anti-HBS, anti-HBC IgM/IgG, • anti-HAV IgM, anti-HCV, anti-HEV) AntiHIV1+2, anti-HTLV1+2 • TORCH • Rubeola, Mumps, VZV, Hantavirus, Chlamydia • Toxocora canis, Leishmania • ........ •Fluoresans Mikroskopisi Antijen aramak: • P. carinii,, Legionella, RSV, Influenza • A/B, PIV, Adenovirus, , Chlamydia,CMV, Cryptosporidium, Antikor aramak: • Toxoplasma • Rubella • Hidatik kist • Legionella • C.pneumoniae •Solunum yolu enfeksiyon etkenleri RSV, İ nfluenza, Parainfluenza Kanda CMV pp65antijeniMolek ü ler teknikler Hibridizasyon • Polimeraz zincir reaksiyonu(PCR) • Ligaz zincir reaksiyonu(LCR) • Dallanm ş(branched) DNA • TAA/TMA • Q ? -replikaz •Molek ü ler teknikler Saptama: DNA/RNA • Mycobacterium, Borrelia, Rickettsia, ...Tropheryma – whippelli, Toxoplasma, P.carinii – HAV, HBV, HCV, HEV, HSV, CMV, HHV-6, HIV, – HPV, Rotavirus, Caliciviruses, Parvovirus B19, Hantavirus Epidemiyolojik tiplendirme(RFLP, AP-PCR, • PFGE, DNA sequencing) Diren ç genlerini ara şt rmak: MRSA(mecA), • Mycobacterium, HIV Patogenez ara şt rmalar : Vir ü lans fakt ö rleri vd • MycobacteriumAdenovirus alt gruplar